ウイルスはナノレベル（1ナノメートルは100万分の1ミリメートル）の大きさで、自分を複製する遺伝子を蛋白質で覆っただけの少し奇異な微生物です。C型肝炎ウイルスはそれが持っている遺伝子の違いにより主に1a、1b、2a、2bなどのタイプに分類されています（これを遺伝子型＝ジェノタイプといいます）。日本人に多いのは1b型で約70％、2a型、2b型がそれぞれ20％、10％程度で、1a型はほとんどみられません。1a、1b型はインターフェロンが効きにくいタイプとされています。

C型肝炎ウイルスの形とタイプ