ペグインターフェロン・リバビリン併用療法の副作用には、治療初期（1週間以内）にみられるもの、治療中期（2〜12週間）にみられるもの、治療後期（3ヵ月以降）にみられるものがあります。よくみられる副作用には以下のようなものがあります。

注射部位の反応

注射部位が赤くはれたり、痛みやかゆみを感じることがありますが、通常早くて1〜2日、長くても3週間で治まります。

インフルエンザ様症状

ペグインターフェロンの注射を開始した数時間後から、発熱、悪寒、全身がだるい、頭痛、関節痛などインフルエンザにかかったときのような症状がみられます。ほとんどの患者さんでみられ、通常3〜4日で治まりますが、症状の強いときは鎮痛解熱薬などを使用します。少量の塩分を含んだ水分の補給につとめましょう。なお、これらの症状があらわれても2回目以降は症状が軽くなります。

食欲不振、吐き気など

インフルエンザ様症状があるときは誰でも食欲がなくなりますが、熱が下がった後も食欲不振、吐き気、腹痛、下痢、便秘などが続くことがあります。通常2〜3週間でよくなります。食欲不振が強いときは、自分の好物を中心にした食事や間食などを上手に利用して、できるだけ栄養をとるようにしましょう。

発疹、かゆみなど

治療開始初期からみられることがあります。症状が出た場合は抗ヒスタミン薬、抗アレルギー薬やステロイド軟膏などを使用して治療される場合があります。アトピーなどのアレルギー体質の方は主治医に相談してください。

脱毛

治療開始2ヵ月目くらいから頭髪の抜けが目立ちはじめ、数ヵ月続くことがあります。しかし多くの場合、いつもより抜け毛が気になる程度で、ヘアピースを必要とするほどではありません。通常治療終了後6ヵ月以内には元にもどります。